Magefi Transports est certifié Iso 9001 : 2000 et, depuis juin 2006 Iso 22000 pour l’activité ferroviaire. Avec cette nouvelle certification, Magefi Transports apporte une garantie supplémentaire à ses clients.

Cette certification Iso 22000 : 2005 est l’aboutissement d’une stratégie d’entreprise qui vise à l’amélioration constante de la qualité du transport. Afin d'intégrer les exigences de la charte de sécurité alimentaire FFCAT/FNA dans le transport ferroviaire, Magefi-Transports a participé à la création de l’association Qualiwag aux côtés de la CTC et d’autres chargeurs et commissionnaires. Qualiwag a rédigé un Guide des bonnes pratiques d’hygiène pour le transport de produits agricoles bruts en wagons spécialisés, actuellement soumis pour accréditation auprès des instances et ministères compétents. Il s’inscrit dans la suite logique du Guide des bonnes pratiques du stockage publié par la FFCAT.

Les wagons InVivo, intégrés dans l’organisation Transcéréales, sont gérés par la CTC laquelle est également certifiée Iso 22 000.

En matière de transport ferroviaire, certains affrètements exigent d’avoir des wagons qui aient été nettoyés afin d’éviter toute contamination par des résidus de produits. D’autres types de marchandises peuvent se contenter d’avoir des wagons « en l’état », c’est-à-dire vidés convenablement par le dernier destinataire : les wagons ne transportant que des produits d’origine végétale.